Il Monastero di S. Benedetto in Pisa, sorse originariamente agli inizi del XII secolo sul litorale pisano, nei pressi di S. Piero a Grado come comunità eremitica. A causa delle incursioni di pirati saraceni, le monache abbandonarono il luogo del loro del primo insediamento per rifugiarsi in città, nei pressi della chiesa di S. Paolo a Ripa d'Arno, tenuta all'epoca da monaci benedettini. 

L’edificazione del nuovo monastero data 1393. Il complesso - chiesa e convento - fu costruito sulla riva meridionale dell’Arno, in un’area chiamata nel basso medioevo tegularia per la presenza di fornaci di mattoni e ceramica, come attestato anche da alcuni ritrovamenti archeologici all’interno del monastero.

La struttura subì massicce ristrutturazioni già nel XVI secolo, in seguito al passaggio delle monache all’Ordine di Santo Stefano (1565) e ancora nel XVII, con la creazione della facciata prospiciente piazza S. Paolo a Ripa d’Arno e del campanile quadrangolare con copertura a piramide. Nei lavori del 1643 furono distrutti quasi totalmente gli affreschi quattrocenteschi di Benozzo Gozzoli rappresentanti Storie di San Benedetto, di cui si conserva un frammento nella sede centrale della Cassa di Risparmio di Pisa, in piazza Dante.

Nel 1808, con l'occupazione napoleonica, il monastero fu requisito e le religiose obbligate a trasferirsi. Nel 1814, per rientrarne in possesso, accettarono la condizione loro imposta da Ferdinando di Lorena e lo risanarono a proprie spese. Successivamente, nel 1850, venne realizzata la facciata lungo il corso dell’Arno, progettata dall’architetto Domenico Santini che ideò la ripartizione in tre edicole di colore rosso scuro, raccordate da paramenti in terra gialla, decorati con elementi in cotto. L’utilizzo di finestre in stile gotico fiammeggiante costituì una novità per le consuetudini architettoniche pisane.

Le monache, tuttavia, furono nuovamente allontanate nel 1866, in virtù delle nuove leggi dello Stato Italiano sulla soppressione degli ordini religiosi (gli altari, smontati nel 1889, sono attualmente conservati nella chiesa parrocchiale di Navacchio) e solo nel 1940 ne riottennero il possesso, come donativo della Regina Elena. Poco dopo, il 31 agosto 1943 l’edificio venne bombardato dalle forze alleate e alla fine della guerra le suore nel tentativo di ricostruire l'indispensabile, chiesero la dispensa per alcuni anni dalla clausura per farsi itineranti e questuanti.

Nel volere di qualche anno, furono tuttavia costrette a pensare di vendere la proprietà, ormai pericolante e negli anni ‘60 iniziarono i contatti con il Monastero delle Benedettine in Empoli, per la fusione dei due cenobi e la costruzione del Monastero in Pontasserchio, dove la vita religiosa è iniziata il 13 Novembre 1969.

Il complesso delle Benedettine in Lungarno, chiuso al culto, è stato successivamente acquistato dall’Università di Pisa che lo ha destinato a foresteria per studenti e docenti italiani e stranieri e come sede di congressi e convegni.